Visualisation des acides aminés en tant que constituants des protéines
دراسة في البعد الثالت للأحماض الأمينية كمكونات للبروتينات
Les acides aminés constituent les bases des protéines. Leur visualisation 3D à l'aide d'un programme, tel que JMOL, permet de se rendre compte de leur propriétés à travers leurs structures.
Les acides aminés (AA) peuvent être subdivisés en AA apolaires (9 AA) et en AA polaires (11 AA). Ces derniers peuvent être des Acides amines polaires non chargés (6 AA), Acides amines polaires chargés (-) (appelés aussi AA acides) et des Acides amines polaires chargés (+) (appelés aussi AA basiques). Avant de passer à leur visualisation 3D par JMOL, nous présentons ci contre la formule chimiques et les abréviations de chaqu'un des 20 acides aminés.
Pour rappel, certains AA sont essentiels. Il faut les fournir par un apport alimentaire. Ces AA sont toute la série des AA apolaires, exceptées la Proline et l'Alanine et les AA de la serie des AA polaires basiques. Par exemple, l'Histidine se trouve dans les bananes et les raisins, entre autres. L'Arginine est rencontrée dans l'Arachide, entre autres. Les protéines jouent un grand rôle dans les échanges membranaires (PAM) et dans le métabolisme comme enzymes.
قبل دراسة الأحماض الأمينية في البعد الثالت، يجب التذكير أنها تنقسم إلى أحماض أمينية غير قطبية و عددها 9 و أحماض أمينية قطبية . تتكون هذه الأخيرة من أحماض أمينية قطبية بدون شحنة كهربائية و ثانية ذات شحنة كهربائية سالبة و أخرى قطبية ذات شحنة كهربائية موجبة .
الأجماض الأمينية الضرورية التي يجب إمداد الجسم بها عن طريق التغذية، تهم بالخصوص الأحماض الغير القطبية و الأحماض القطبية ذات الشحنة الموجبة أي القاعدية
Visualiser autres molécules:
--- Glucides --- Acides nucléiques --- Lipides --- Protéines --- Médicaments et drogues ---
Sélectionner une molécule d'acides aminés ou de protéines et voir les instructions JMOL ci dessous:
Instructions pour la visualisation des molécules par JMOL:
1.
Choisir la molécule que vous voulez visualiser en la selectionnant
dans les liens à droites
2. Effectuer la ROTATION de la molécule en en pointant
sur l'image et en maintenant appuyé le côté
gauche de la souris tout en la faisant bouger.
3. Effectuer
un ZOOM sur la molecule en maintenant enfoncée la touche
shift (Î) du clavier et en tirant en avant et en arrière
la souris
Avertissement: la visualisation des molecules par JMOL nécessite l'installation de java (http://www.java.com). Voir ci dessous
4. Pour avoir plus d'information sur la molécule, faite un clic droit par votre souris sur l'image et choisir, entre autres, le STYLE de visualisation. Ex: style -->combinaison--->bâtons
5.
Lorsque vous cliquez sur un atome de la molécule ses coordonnées
(type d'atome, N°,..) s'inscrivent automatiquement sur la barre du
bas de la page
6. Pour savoir plus sur les commandes de visualisation tridimensionnelle
des molécules du programme RASMOL s'appliquant aussi sur JMOL:
visiter la page: http://www.takween.com/StructureProteines/structures_preambule.html
7. Pour plus d'information sur JMOL, visiter:
www.jmol.org
Javascript
generated by a java program (Jmol_Web_Page_Maker)
on 10 sept. 2007.
Original page composed by J.
Gutow 7/2006.
Il faut retenir que les propriétés physico-chimiques des proteines sont dictées par leurs compositions en acides aminés. A titre d'exemples les proteines hydrophobes (qui n'aiment pas l'eau) sont riches en acides aminés à caractères hydrophobes (essentiellement les AA apolaires, A, V, L, I, M, F, W, P, G)
يجب التذكير أن خصائص البروتينات مرتبطة جدا بتشكلة الأحماض الأمينية التي تكونها. مثلا، خاصية نفور الماء مرتبطة بمذى توفر البروتين عن الأحماض الأمينية الغير قطبية ك: A, V, L, I, M, F, W, P, G.
QUESTIONS:
1. Combien de feuillets béta et de d'hélices alpha contient la carboxypeptidase ?: Clic droit sur la souris et selectionne 'style' puis 'combinaison' puis 'cartoon' et faire le compte des alpha et beta
2. Visualiser tous les acides aminés acides (polaires chargés - (Asp et Glu) de la carboxypeptidase: d'abord choisir un style de la molécule qui vous permettra de distiguer les AA acides du reste de l'enzyme: clic droit de la souris sur la molécule ---> 'style' --> 'combinaison' --> 'fil de fer'. Ensuite selectionner les AA acides: clic droit sur la souris ---> 'selectionner' --> 'proteine' --> 'résidus acides'.
A cette étape vous ne voyez pas de changement. Pour distinguer les AA acides du reste de la molécule, il faut les visualiser sous une forme différente de celle de la molécule entière: clic droit de la souris sur la molécule ---> 'style' --> 'combinaison' --> 'bâtons'. En pointant la souris sur un élément vous lisez directement en bas de la page le nom de l'AA. Ici ce sont des Asp (acide aspartique) et des Glu (acide glutamique). Si problème, contacter infos@takween.com
