Acides nucléique. Visualisation tridimensionnelle (3D)
دراسة في البعد الثالث للأحماض النووية
Avant de passer à la visualisation tridimensionnelle (3D) des acides nucléiques par JMOL, on doit rappeler que ceux ci sont constitués de nucléotides, formés, eux même, d'une des 5 bases azotées (A, T, C, G et U), d'un sucre à 5 carbones ou pentose (ribose ou désoxyribose) et phosphate (sous forme triphosphate (nucléotide libre) ou monophosphate (nucléotide incorporé).
Les bases azotées sont de 2 types différents; 1) les bases puriques sui sont l'Adénine (A) et la Guanine (G) et 2) les bases pyrimidiques qui sont la thymine (T), la Cytosine (C) et l'Uracile (U) (materiaux-acides nucleiques). Selon leur composition en nucléotides, les Acides nucléiques sont de deux types; 1) l'Acide Déoxyribonucléiques (ADN, DNA) contient les nucléotides à bases A, C, G et T et un sucre sous forme désoxyribose (QCM-sucres), 2) l'Acide Ribonucléique (ARN, RNA) constitué de nucléotides à base des bases A, C, G et U et du ribose comme sucre (Figure ci contre).
Avertissement: la visualisation des molecules par JMOL nécessite l'installation de java (http://www.java.com). Voir ci dessous
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Visualiser autres molécules:
--- Structure tridimensionnelle de l'ADN (par JMOL) -- Glucides -- Lipides --- Protéines --- Médicaments et drogues
1. Choisir la molécule que vous voulez visualiser en la selectionnant dans les liens à droites اختر الجزيئ المراد معاينته
2. Effectuer la ROTATION de la molécule en en pointant sur l'image et en maintenant appuyé le côté gauche de la souris tout en la faisant bouger. تحريك-دوران الجزيئ يتم بالضغط مرتين مع استمرار الضغط فوق الصورة مع تحريك الفأرة
3. Effectuer un ZOOM sur la molecule en maintenant enfoncée la touche shift (Î) du clavier et en tirant en avant et en arrière la sourisتقريب و إبعاد الصورة يتم بالضغط المتواصل على زر شيفت يمين لائحة المفاتح مع تحريك الفأرة
4.
Pour avoir plus d'information sur la molécule, faite un clic
droit par votre souris sur l'image et choisir, entre autres,
le STYLE de visualisation. Ex: style -->combinaison--->bâtons.
للمعاينة
تحت لوالب ألفا و صفائح بيتا، يجب إتباع
نقر يمين الفأرة و اختيار -->style-->Combinaison-->Cartoon
5. Lorsque vous cliquez sur un atome de la molécule ses coordonnées (type d'atome, N°,..) s'inscrivent automatiquement sur la barre du bas de la page عند وضع الفأرة فوق درة معينة من الجزيئ يظهر اسمها و رقمها
6. Pour savoir plus sur les commandes de visualisation tridimensionnelle des molécules du programme RASMOL s'appliquant aussi sur JMOL: visiter la page: http://www.takween.com/StructureProteines/structures_preambule.html
7. Pour plus d'information sur JMOL, visiter: www.jmol.org
Coloration تلوين
قبل الانتقال إلى دراسة الأحماض النووية في البعد الثالث، يجب التذكير أن هذه الجزيئات تتكون من النيكليوتيدات التي تتشكل نفسها من واحدة من خمسة قواعد آزوتية و سكر من خمس كربونات (ريبوز أو ريبوز ناقص الأكسيجين) و الفوسفات. القواعد الأزوتية تنقسم إلى قواعد من نوع بورين و أخرى من نوع بيريميدين. أما الأحماض النووية فهي صنفين: 1. الحامض النووي الريبوزي ناقص الأكسيجين، 2. الحامض النووي الريبوزي . انظر الجدول.