VISUALISATION TRIDIMENSIONNELLE DES MOLECULES A L'AIDE DE RasTop
ENSEIGNEMENT DE BIOCHIMIE
RELATIF A LA PARTIE ENZYMOLOGIE APPROFONDIE (M. BAAZIZ)
FACULTE DES SCIENCES -SEMLALIA,
UNIVERSITE CADI AYYAD, MARRAKECH, MAROC.
Site Web: http://takween.com, E.mail:
baaziz@ucam.ac.ma
PROJET D'ETUDE SUR L'HEMOGLOBINE (TUTORIEL)
(Page 2)
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Pour se focaliser sur des interactions non-covalentes spécifiques,
comme les liaisons hydrogènes et électrostatiques ainsi
que les interactions hydrophobes, on doit mettre en évidence certains
résidus des acides aminés de la protéines.
Pour faciliter ce travail, on isolera une seule sous-unité de la
protéine. Dans cet exemple, on étudie une sous-unité
béta. Les 4 chaînes polypeptidiques sont notées A,
B, C et D. Pour avoir des informations sur la séquence des acides
aminés des 4 chaînes, activer le bouton 'molecule file' (7e.
bouton de la première rangée de la fenêtre). Sinon,
saisir 'show sequence' dans la boite des commandes de RasTop (2e.
bouton de la troisième rangée de la fenêtre), puis
valider par la touche entrée.
La chaîne B est une
sous-unité béta.
Pour travailler uniquement sur cette chaine, saisissez 'restrict:b'
dans la boite des commandes de RasTop, puis valider par la touche entrée.
On peut aussi ouvrir le fichier de la molécule (molecule file)
et supprimer les chaînes A, C et D) et sauver la molecule (script)
sous un nom comme 'chaine B' qu'on peut ouvrir après dans RasTop.
Pour selectionner l'heme de la chaîne B choisir dans les listes déroulantes 'element' et 'ligand', activer 'nouvelle selection' (bouton juste après les listes déroulantes), choisir visualisation sous 'ball & stick' (11e. bouton de la première rangée de la fenêtre). activer palette des couleurs sur 'atoms' et selectionner la couleur de votre choix (ici rouge). Sinon, saisissez dans la boite des commandes de RasTop 'select hem' à cette étape, permet de visualiser les 4 hems.
Figure 1.
Pour faire disparaitre les 3 autres hemes, saisir 'restrict:b'. Pour visualiser dès le départ uniquement l'hème de la sous-unité B, saisir select hemB'. On obtient une image identique à la figure 1.
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6. Pour
sélectionner certains résidus d'acides aminés (ici,
Histidine 92 = résidu His proximal de la chaine), on va saisir
his92B dans le menu 'select atom epression (8e.bouton de la troisième
rangée). On peut aussi saisir dans la boîte des commandes
RasTop 'select his92B' puis 'color black' pour lui affecter
une couleur noire. Sélectionner ensuite la visualisation sous
'Ball & Stick'. Réutiliser les commandes pour visualiser le
résidu his63 (résidu His distal de la chaîne)
et lui affecter la couleur verte (green) dans un format 'Ball & Stick'.
Remarque: Saisir "select his92" selectionnera les 2 chaînes
béta. Saisir 'select his' selectionnera toutes les His des
4 chaînes.
Pour éliminer les His des autres chaînes, saisir 'restrict:b' dans la boîte des commandes. On obtient une image correspondant à la figure 2
Figure 2.
Figure 3
Figure 4
Page 3 : Montrera comment étudier des interactions spécifiques
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