biochimie. Cours, techniques et applications en biotechnologies
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VISUALISATION TRIDIMENSIONNELLE DES MOLECULES A L'AIDE DE RasTop. EXEMPLES DE PROJETS
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A travers quelques exemples de protéines (hémoglobine) et d'enzymes (lysozyme, peroxydases, transaminases), nous expliquerons les étapes initiales de l'étude de la relation structure-fonction des macromolécules.
Pour le choix d'autres macrolécules, sujets du projet que vous voulez réaliser dans cette études, il faut se réferer à la banque de données disponibles sur le réseau internet. La banque de données du site web Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/pdb/) vous permet de télecharger des protéines de votre choix qui ne sont pas sur la liste des exemples disponible sur le CD (proteines_exemples.html).
Opter pour le choix d'un exemple de projets présentés dans la liste ci dessous. Le projet Hémoglobine étant un tutorial, il est préférable de commencer avec ce choix

Etudiants de l'Université Cadi Ayyad, Marrakech (Maroc) travaillant sur le projet 'Peroxydases'
Chaque étudiant choisira la protéine qu'il désire étudier à l'aide du programme RasMol. En exploitant les connaissances de base sur la protéine, l'étudiant préparera un compte-rendu de 4-5 pages décrivant en détail la structure de la molécule. Un index contenant au moins 3-6 images RasMol peut être joint au compte-rendu. Joindre au compte-rendu une copie des informations de base sur la molécule sujet d'étude ainsi que des références bibliographiques. Les images peuvent être fourni sous format zip et envoyées par E-mail à votre Professeur.
Le compte-rendu doit fournir les informations suivantes:1/ Information de base sur la protéine (fonction de la protéine, son rôle, lieux de synthèse et lieu d'activité,...). 2/ structure de la protéine (nombre de sous-unités, structure secondaire,...).
3/ interactions moléculaires importantes dans la fonction de la protéine (images RasTopà l'appui). Les interactions concernent, entre autres, les liaisons hydrogène et électrostatique et les interactions hydrophobes.
EXEMPLES DE PROJETS

PROJET 'HEMOGLOBINE' (Tutoriel)

hémoglobine

PROJET 'LYSOZYME', l'une des enzymes de la classe des hydrolases dont la structure est bien connue.

lysozyme. Une des enzymes des hydrolases

PROJET 'PEROXYDASES' , l'une des enzymes des oxydoréductases

peroxydases. enzymes des oxydoréductases

PROJET 'TRANSAMINASES', l'une des enzymes des transférases des groupements aminés.

transaminases. enzymes des transférases

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Hémoglobine, enzymes. structure 3D