ENZYMES A ALLOSTERIE

Les enzymes, catalyseurs biologiques, sont essentielles pour la vie. Connaître comment elles assurent la catalyse renvoie à l'élucidation de leur mecanisme, sans oublier que cela se passe par le contact du substrat avec l'enzyme à travers quelques acides aminés qui constituent le 'site actif'. Seulement, certaines enzymes sont en plus capables d'assurer la regulation des chaînes metaboliques. Cette faculté est due à la présence d'un site régulateur (en plus du site actif) qui réagit avec des modulateurs qui viennent d'ailleurs (allosterie)

1.7. ENZYMES ALLOSTERIQUES........................................................ EXAMENS ..
1.7.1. Comportement cinétique des enzymes allostériques.

Les enzymes allostériques (E) sont des enzymes de régulation des chaînes métaboliques. Elles sont caractérisées par des comportements cinétiques différents de ceux des enzymes michaelliennes. Contrairement à ces dernières (cinétique 'HYPERBOLIQUE'), les enzymes allostérique présentent une cinétique 'SIGMOIDE'

Effet allostérique: le terme d'allostérie a été utilisé au départ pour expliquer l'inhibition compétitive de certaines enzymes par des molécules ne présentant pas ou peu de ressemblance au substrat initial.

Dans le type classique d'inhibition compétitive, l'inhibiteur (I) est un analogue structural du substrat (S) et tend à occuper le même site que ce dernier. Il s'agit d'un inhibiteur isostérique (isostérie) (voir Fig). Par contre, l'inhibiteur ne montrant pas une analogie structurale avec le substrat occupera un autre site sur l'enzyme. Il est qualifié d'inhibiteur allostérique (allostérie). Ces différentes interactions permettent de concevoir l'existence de plusieurs formes d'enzyme et la présence de site allostérique et de site actif.

Effet de coopérativité: la coopérativité traduit le fait que la fixation sur l'enzyme d'une molécule d'un effecteur allostérique (exemples: activateur allostérique (A) et inhibiteur allostérique (I)) influe sur la fixation des molécules suivantes. Dans le cas de coopérativité en présence du substrat (sigmïde de v=f((S)), Si l'effecteur allostérique est le substrat lui même on parle de modulation homotrope. Si l'effecteur est différent du substrat on parle de modulation hétérotrope. Dans une coopérativité positive, une molécule d'un effecteur entraîne l'augmentation de l'affinité pour les mêmes molécules et vice versa pour une coopérativité négative.

1.7.3. Nature oligomérique des enzymes allostériques et transition allostérique R <---> T.
L'enzyme allostérique est un ensemble de sous-unités spécifiques associées. Celles ci coopèrent en vue d'une même fonction. C'est une structure quaternaire.

Transition d'aggrégation-désagrégation: Les premières idées faites sur l'activité des enzymes allostériques (1960) considéraient que l'état fonctionnel d'une enzyme allostérique était un état d'aggrégation. L'état de désagrégation correspondait à l'état inactif (transition d'aggrégation-désagrégation) (Fig). Cette hypothèse est inéxacte in vivo.
Transition R <---> T: La transition allostérique modifie les forces de liaisons qui associent les sou-unités entre elles sans aller à l'état de dissociation. La molécule entière se trouve soit dans un état contraint (T) soit dans un état relaché (R). Cette transformation de la molécule est réversible. Les différentes sous-unités (protomères) d'une enzyme allostérique sont caractérisées par: l'existence d'un centre de symetrie pour les protomères associés, la présence au sein de chaque protomère d'un seul site stéréospécifique de chaque effecteur et la conservation de la symetrie de la molécule entère malgré les changements conformationnels.
Les deux formes R et T peuvent être actives l'une et l'autre. Leur rapport change de manière complexe en fonction des différents effecteurs. Il a été noté que les formes R et T de l'Aspartate transcarbamylase n'ont pas le même pH optimum (pH = 8,2 pour la forme R et pH = 6,8 pour la forme T). Elles diffèrent également par leur spectre aux rayons X.

1.7.4. Modulations allostériques de types K et V.
Trois types d'enzymes allostériques peuvent être distingués selon les effets exercés sur elles par les effecteurs homotropes et hétérotropes qui les concernent. Ainsi, on distigue:
- Les enzymes du système K où l'effecteur ne modifie que l'affinité apparente (relative à Km) de l'enzyme pour le substrat.
- Les enzymes du système V où l'effecteur ne modifie que la vitesse maximale (Vmax) de la réaction.
- Les enzymes du système mixte où l'effecteur ne modifie les deux paramètres Km et Vmax.

1.7.4.1. Enzymes allostériques du système K (plus fréquentes).

Ce sont des enzymes où le substrat et l'effecteur présentent, tous, des affinités différentes pour les formes R et T de l'enzyme. Il en résulte une fixation toujours sigmoïde. Les formes R et T ont une même vitesse maximale. Sur le plan cinétique, ce sont des enzymes où l'effecteur ne peut modifier que l'affinité apparente (relative à Km) de l'enzyme pour le substrat. L'affinité pour le substrat (S) diminue en présence d'un inhibiteur allostérique (I). Elle augmente en présence d'un activateur allostérique (A).

Exemples d'enzymes allostériques du système K: Aspartate transcarbamylase, Phosphofructokinase (PFK), Thréonine désaminase

1.7.4.2. Enzymes allostériques du système V (plus rares).
Les enzymes allostériques du système V sont caractérisées par le fait que le substrat (S) a la même affinité pour les deux formes d'enzyme R et T. Tout se passe comme s'il y'a une seule forme d'enzyme. Il en résulte une fixation hyperbolique de S. La coopérativité homotrope est absente. Néanmoins, les effecteurs A et I ont des affinités différentes pour chaque forme R et T. Il en résulte une fixation sigmoïde témoignant d'une coopérativité homotrope pour A et I.
Les formes R et T sont différentes dans leurs activités catalytiques (VmaxR (forme R) différent de VmaxT). En se fixant sur l'une des formes, un effecteur va augmenter ou diminuer Vmax par simple déplacement de l'équilibre R <---> T. Si R est catalytiquement plus active la fixation d'un activateur sur cette forme entraîne le déplacement de l'équilibre vers cette forme. Il en résulte une augmentation de Vmax. Le raisonnement inverse est valable pour un inhibiteur allostérique se fixant sur la forme T.

1.7.5. Interprétations moléculaires des modulations allostériques.
1.7.5.1. Modèle de coopérativité de Hill (1909).
1.7.5.2. Modèle de Monod, Wymann et Changeux (MWC).
1.7.5.3. Modèle de Koshland

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