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Peroxydase, Travail Pratique. Etude de la structure par Rastop


L'étude de la structure tridimensionnelle (3D) d'un complexe peroxydase-faux substrat par les programmes Rastop et JMOL, permet de localiser les acides aminés les plus importants dans la catalyse (réagissant avec le ligand) et/ou le groupement prosthétique qui est une porphyrine (4 noyaux pyrrols en cercle) liée à un atome de fer sous forme ferrique.
La première partie du TP a été consacrée à l'étude de la cinétique de la peroxydase des folioles du palmier dattier et la détermination du mécanisme de catalyse.

Peroxydase. TP Rastop

Partie 2. Peroxydase. Etude de la relation structure-fonction par visualisation tridimensionnelle à l'aide des programme Rastop et JMOL

Préambule

Le programme RasMol est utilisé dans ce TP pour visualiser dans les structures enzymatiques, Afin de comprendre le mode d'utilisation, les recommandations incluses dans le CD distribué aux Etudiants, sont à prendre en considération.

Peroxydases

L'étude classique du modèle (fichier 2atj, auteurs A.Henriksen et Coll., Protein Data Bank) d'une peroxydase du raifort permet aux étudiants de découvrir la structure de l'enzyme, avec une partie non protéique plane l'hème caractérisée par la présence d'un Fe III (donc en réalité hémine et non hème) au centre d'une porphyrine.

Cette structure est à rapprocher de celle des globines étudiées par ailleurs. Il y a également 2 ions Ca++

Cas de la peroxydase de plantes complexée avec un faux substrat : fichier 2atj

Title: Recombinant Horseradish Peroxidase Complex With Benzhydroxamic Acid
Compound: Mol_Id: 1; Molecule: Peroxidase C1A; Chain: A, B; Synonym: Horseradish Peroxidase C1A, Hrp C; Ec: 1.11.1.7; Engineered: Yes
Authors: A. Henriksen, D. J. Schuller, M. Gajhede

acide-benzhydroxamique

Exp.Method: X-ray Diffraction
Classification : Oxidoreductase
EC Number : 1.11.1.7 (Peroxidase)

Source: Armoracia rusticana
Primary citation: Henriksen, A., Schuller, D. J., Meno, K., Smith, A. T., Welinder, K. G., Gajhede, M.: Structural Interactions between Horseradish Peroxidase C and the Substrate Benzhydroxamic Acid Determined by X-Ray Crystallography Biochemistry 37 pp. 8054 (1998


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Peroxydase, TP. Structure par Rastop