TAKWEEN. BIOCHIMIE EN LIGNE - EXERCICES
BIOCHIMIE 2 1. STRUCTURE DES LIPIDES 2. STRUCTURES DES GLUCIDES 3. STRUCTURES DES PROTEINES 4. STRUCTURE DES ACIDES NUCLEIQUES 3. STRUCTURE DES PROTEINES ............................QCM interactif	www.biotech-ecolo.net ------------------------ www.maxicook.com -----------------
Q1.Parmi les produits suivants, lesquels sont utilisés pour identifier le résidu N-terminal d'une protéine ?. a: Bromure de cyanogène, b: Fluorodinitrobenzene, c: Acide performique, d: Chlorure de dansyle, e: Phenyl isothiocyanate. Q2. Parmi les propositions suivantes consernant la degradation d'Edman, lesquelles sont vraies ?. a: le Phényl isothiocyanate est couplé au résidu N-terminal, b: Dans des conditions acides modérées, le peptide modifié est clivé en un dérivé cyclique de l'acide aminé terminal et un peptide rccourci (moins le 1er. AA), c: si une protéine possède un résidu N-terminal bloqué (comme celui formé par la Formyl méthionine), elle ne peut réagir avec le Phényl isothiocyanate. Q3. En voulant séquencer une protéine, on essaie de générer des peptides qui se chevauchent en utilisant des clivages en des sites spécifiques. Parmi les ropositions suivantes, quelles sont celles qui sont vraies. a: Le Bromure de Cyanogène clive sur le côté carboxylique de la thréonine, b: la trypsine clive sr le côté carboxylique de la lysine et de l'arginine, c: la chymotrypsine cive sur le côté carboxylique des acides aminés aromatiques et de ceux ayant une chaîne latérale encombrante, d: le 2-nitro-5-thiocyanobenzoate clive sur le côté aminé des résidus de la cysteine, e: la chymotripsine clive sur le c?t? carboxylique de l'aspartate et du glutamate. Q4. Soit le fragment d'hémoglobine suivant: Val-Leu-Ser-Pro-Ala-Lys-Thr-Asn-Val-Lys-Ala-Ala-Trp-Gly-Lys-Val-Gly-Ala-His-Ala-Gly-Glu-Tyr-Gly-Ala-Glu-Ala-Thr-Glu. Quels traitements doit-on utiliser pour déterminer le résidu N-terminal et pour obtenir 2 ensembles de peptides qui se chevauchent de façon à compléter la séquence en acides aminés ? Donner la séquence des peptides obtenus.                                                           REPONSES Q1. b, d, e. Q2. a, b, c. Q3. b, c, d. Q4. Le résidu N-terminal du fragment d'hémoglobine peut être déterminé par marquage avec du Fluorodinitrobenzene ou du Chlorure de dansyle ou en analysant le fragment intact par la méthode de dégradation d'Edman. Ceci montre que le résidu N-terminal esy Val. La digestion par la trypsine, la séparation des peptides et la dégradation d'Edman donnent: Val-Leu-Ser-Pro-Ala-Lys, Thr-Asn-Val-Lys, Ala-Ala-Trp-Gly-Lys, Val-Gly-Ala-His-Ala-Gly-Glu-Tyr-Gly-Ala-Glu-Ala-Thr-Glu. La digestion par la chymotripsine, la séparation des peptides et la dégradation d'Edman donnent: Val-Leu-Ser-Pro-Ala-Lys-Thr-Asn-val-Lys-Ala-Ala-Trp, Gly-Lys-Val-Gly-Ala-His-Ala-Gly-Glu-Tyr, Gly-Ala-Glu-Ala-Thr-Glu.
EXAMEN . PROTEINES (FSSM, Janvier 1996, BG2) QUESTION 1. Soit un oligopeptide H. On le soumet aux traitements suivants : 1. La carboxypeptidase A ne donne aucun résultat. 2. Le PTC libère successivement VAL puis TYR. 3. La trypsine n'a aucune action apparente. 4. La chymotrypsine libère un tétrapeptide A, un dipeptide B et TRP. a. A traité par l'hydrazine révèle une LYS non modifiée. b. Le traitement par l'aminopeptidase détache GLU. c. Le CNBr libère 2 dipeptides qui migrent dans des directions opposées une fois soumis à l'électrophorèse à pH 7,0. d. L'un de ces 2 dipeptides traité par le DNFB suivi d'hydrolyse acide forte montre la présence de 2 DNP-AA, dont le DNP-VAL. e. Le traitement de B par la fluorescamine suivi d'hydrolyse acide donne VAL fluorescent sous lumière UV. f. La carboxypeptidases A libère TYR. Quelle est la séquence de A ? Peut-on en déduire sa position dans H ? Quelle est la séquence de B ? 5. En déduire la séquence de H. La vérifier. QUESTION 2. On veut déterminer quelques caractéristiques physico-chimiques de 2 protéines A et B. 1. Soumise à une chromatographie d'exclusion, la protéine A montre une MM apparente de 160000. Par contre, elle ne montre qu'une bande unique de MM égale à 40000, une fois soumise à l'électrophorèse sur gel de polyacrylamide en présence de SDS. Par ailleurs, la protéine A migre franchement vers l'anode lors de l'électrophorèse à pH 7,0. Quelle(s) conclusion(s) peut-on avoir sur la structure de A ? 2. La protéine B co1% de TRP. La chromatographie d'exclusion permet son élution entre 2 protéines de MM respectives 35800 et 42000. La même expérience effectuée avec un traitement préalable à la guanidin6 M montre que B est éluée après ces 2 protéines. Enfin, l'électrophorèse à pH 7,0, révèle une faible migration sur gel de polyacrylamide. Quelle(s) conclusion(s) peut-on avoir sur la structure de B ? 3. Quesera l'ordre d'élution des 2 protéines A et B lors d'une chromatographie échangeuse d'anions ? Préciser le pH initial du tampon. 4. Les protéines A et B sont soumises à une chromatographie d'exclusion en présence de 5 autres protéines monomériques C, D, E, F et G de MM respectives 200000, 125000, 96000, 64000 et 35800. Sachant que la limite d'exclusion du gel utilisé est de 110000, préciser l'ordre d'élution des différentes protéines. 5. Quel résultat obtient-on lorsque l'expérience précédente est réalisée avec un traitement préalable à l'urée 8 M de l'ensemble des protéines ? (MM du TRP égale à 181).
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