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HEMOGMOBINE, PEROXYDASES, LYSOZYME, TRANSAMINASES. STRUCTURE 3D PAR rastop
إستظهار للجزيئات في البعد الثالث باستعمال راستوب


En Biochimie, Les Biomolécules peuvent être visualisées dans l'espace tridimensionnel (3D) par différentes programmes dont rastop et JMOL


- INTRODUCTION
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- EXEMPLES DE PROJETS D'ETUDE par RasTop

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MOLECULES. STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE PAR RASTOP
دراسة البنية الثلاثية البعد


transaminase

French English Arabic
Hémoglobine Hemoglobin خضاب، هيموغلوبين
Peroxydase, Transaminase Peroxidase, Transaminase بيروكسيداز، إنزيم نقل الأمين

Introduction


A travers quelques exemples de protéines (HEMOGLOBINE) et d'enzymes (LYSOZYME, PEROXYDASES, TRANSAMINASES), nous expliquerons les étapes initiales de l'étude de la relation structure-fonction des macromolécules.


Pour le choix d'autres macrolécules, sujets du projet que vous voulez réaliser dans cette études, il faut se réferer à la banque de données disponibles sur le réseau internet. La banque de données du site web Protein Data Bank (https://www.rcsb.org/pdb/) vous permet de télecharger des protéines de votre choix qui ne sont pas sur la liste des exemples disponible sur le CD (Protéines_exemples.html).
Opter pour le choix d'un exemple de projets présentés dans la liste ci dessous. Le projet Hémoglobine étant un tutorial, il est préférable de commencer avec ce choix
Chaque étudiant choisira la protéine qu'il désire étudier à l'aide du programme RasMol. En exploitant les connaissances de base sur la protéine, l'étudiant préparera un compte-rendu de 4-5 pages décrivant en détail la structure de la molécule. Un index contenant au moins 3-6 images RasMol peut être joint au compte-rendu. Joindre au compte-rendu une copie des informations de base sur la molécule sujet d'étude ainsi que des références bibliographiques. Les images peuvent être fourni sous format zip et envoyées par E-mail à votre Professeur.Le compte-rendu doit fournir les informations suivantes:1/ Information de base sur la protéine (fonction de la protéine, son rôle, lieux de synthèse et lieu d'activité,...). 2/ structure de la protéine (nombre de sous-unités, structure secondaire,...).
3/ interactions moléculaires importantes dans la fonction de la protéine (images RasTopà l'appui). Les interactions concernent, entre autres, les liaisons hydrogène et électrostatique et les interactions hydrophobes.


EXEMPLES DE PROJETS D'ETUDE par RasTop


PROJET 'HEMOGLOBINE' (Tutorial)

HEMOGLOBINE

l'hémoglobine est une protéine des globules rouges qui assure le transport de l'oxygène et du gaz carbonique grâce à une structure contenant du fer.


PROJET 'PEROXYDASES'

PEROXYDASES

Les peroxydases sont des oxydoréductases de grande importance dans le métabolisme du peroxyde d'hydrogène. Il existe des peroxydases avec hème et des peroxydases sans hème. Les peroxydases héminiques, ou peroxydases hème-dépendantes, sont des oxydoréductases abritant l'hème comme cofacteur dont le rôle est d'accepter les électrons afin de catalyser réactions d'oxydation variées. Les peroxydases font la catalyse selon le mécanisme 'ping-pong'
Fe3+ + H2O2 ⇌ [Fe4+=O]R’ (composé I) + H2O ;
[Fe4+=O]R’ + substrat → [Fe4+=O]R (composé II) + substrat oxydé ;
[Fe4+=O]R + substrat → Fe3+ + H2O + substrat oxydé.


PROJET 'LYSOZYME'

LYSOZYME

Le lysozyme (muramidase, mucopolysaccharidase physiologique) est l'une des enzymes de la classe des hydrolases. Le dosage du lysozyme dans les liquides biologiques (salive, sécrétions nasales, larmes, lait maternel) permet d'évaluer l'activité bactéolytique


PROJET 'TRANSAMINASES

TRANSAMINASES. enzymes des transférases

Les transaminases sont des des transférases des groupements aminés. Deux types de transaminases sont distingués:
- les transaminases ALAT (alanines aminotransférases), également appelées TGP ou SGPT. Ce sont des enzymes spécifiques du foie
- les transaminases ASAT (aspartates aminotransférases), aussi nommées TGO ou SGOT. Ce sont des enzymes présentes dans le foie, les muscles, le cœur, les reins, le cerveau et le pancréas.
Toute altération de ces organes libérera les transaminases spécifiques. Pour explorer la fonction hépatique (foie), on fait le dosage des transaminases. Leur augmentation peut signifier une cytolyse (lésions cellulaires).


OUVRAGES


- Livre 'Sciences de la vie. Protéines et Enzymes', Baaziz 2013:
Sciences de la vie. Protéines et Enzymes
306 pages, 2013, ISBN : 978-99-54-32-663-3 + DVD mis à jour 2018 + Assistance

- Livre 'Structures et Métabolisme des Sucres', Baaziz, 2018(+ DVD, 400 QCM):
Sciences et vie, Biochimie
-> Présentation du livre
-> Affiche annonce du livre


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- Livre 'Sciences de la vie. Protéines et Enzymes' (+ DVD), Baaziz,2013

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