biochimie. Cours, techniques et applications en biotechnologies
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Visualisation tridimensionnelle des molécules à l'aide de Rastop. Exemples de structures moléculaires pour étude.

Le site web Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/pdb/) peut être utilisé pour télécharger des structures de protéines format pdb. Faire une recherche par mots clés ou introduire le code de la protéine directement (ex. 1kpb for acid phosphatase). Des exemples de protéines sont donnés dans le tableau (liste inspirée de celle du Dr.LEE, Department of Biology SUNY- Fredonia, Fredonia, NY 14063 )

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Enzymes par rastp


Molécule. Référence (PDB ID) et Description
Acid Phosphatase (1kbp). Strater et al., Science 268: 1489-1492 (1995). From kidney beans, for those who want more

acid phosphatase data.Actin (1j6z). Otterbein et al., Science 293: 708-711 (2001). Component of muscle cell filaments.

Adenylyl Cyclase complex with Gsa-GTPgS (1cjk). Tesmer et al., Science 278: 1907-1916 (1997). Adenylyl cyclase converts ATP to the second messenger cyclic AMP (cAMP)

Anthrax Toxin Protective Antigen (1acc). Petosa et al., Nature 385: 833 (1997). Component of the anthrax toxin.

APE1 Endonuclease (1de9). Mol et al., Nature 403: 451-456 (2000). AP Endonuclease repairs DNA damage.

Bacteriorhodopsin (1c8s). Leucke et al., Science 286: 255-260 (1999). A light driven proton pump.

Bam HI Endonuclease (1bhm). Newman et al., Science 269: 656-663. Bam HI cleaves DNA at the sequence 5' -GGATCC- 3'

Catabolite Activator Protein (CAP)-DNA Complex (2cgp). Schultz et al., Science 253: 1001- 1007 (1991). Regulatory protein of the lac operon

Cholera toxin-related heat-labile Enterotoxin of E. coli  (1lts). Sixma et al., Nature 351: 371-377 (1991). Enterotoxins are produced by some intestinal bacteria and cause diarrheal diseases. See also- Sixma et al., Nature 355: 561-564 (1992).

Cyclin-dependent Kinase 2 (1hck). De Bondt et al., Nature 363: 595-602 (1993). Cyclin-dependent protein kinases are important regulators of the cell cycle. 

Cytochrome bc1 complex (1bgy). Iwata et al., Science 281: 64-71 (1998). Complex is one component of electron transport chain.

DNA Polymerase III- b Subunit (1pol). Kong et al., Cell 69: 425-437 (1992). Subunit provides clamp that can slide along DNA.

DNA Gyrase (1ab4). Morais Cabral et al., Nature 388: 903-906 (1997). Supercoils DNA in bacteria

Elongation Factor Tu with Phe-tRNAPhe (1ttt). Nissen et al., Science 270: 1464-1472 (1995). Recommended choice.

F1-ATPase (1h8e). Abrahams et al., Nature 370: 621-628 (1994). Protein synthesizes ATP on mitochondrial membrane.

Fructose-1,6-bisphosphatase (4fbp). Ke et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88: 2989-2993 (1991). Key regulatory enzyme in gluconeogenesis.

Glyphosate Herbicide with EPSP Synthase (1G6S). Schonbrunn et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:1376 (2001). Glyphosate is active ingredient in Roundup.

HIV Protease (1hvp). Navia et al., Nature 337: 615-620 (1989). An aspartyl protease.

Human Serum Albumin (1bmo). He & Carter, Nature 358: 209-215(1992). An abundant protein found in the circulatory system that aids in the transport of many ligands.

Interleukin-1 Receptor (1ira). Schreuder et al., Nature 386: 194-200 (1997). Receptor for activating of macrophages.

Nitrogenase Iron Protein (1nip). Georgiadis et al., Science 257: 1653-1659 (1992). Reduces nitrogen during nitrogen fixation. Evans & Hudson Nature 279: 500-504 (1979). Controls rate of glycolysis.

Purine Nucleoside Phosphorylase (PNP): PNP humain native (1ula). PNP humain complexée avec Ganine (1ulb). Purine nucleoside + Pi <----> alpha-D-ribose 1-phhosphate + Purine
Le déficit en PNP empêche le catabolisme de l'inosine en hypoxanthine ainsi que de la guanosine en guanine, ce qui aboutit à l'accumulation de guanosine et d'inosine et leurs déoxydérivés, et à l'effondrement des taux de guanine, ainsi que d'hypoxanthine, xanthine et acide urique.

RNA polymerase domain of primase (1dde). Keck et al., Science 287: 2482-2486 (2000). Primases are DNA replication priming RNA polymerases required for the initiation of DNA synthesis.

Taq DNA Polymerase (1taq). Kim et al., Nature 376: 612-616 (1995). The thermostable DNA polymerase used for PCR.

VP40 Ebola Virus Matrix Protein (1ES6). Dessen et al., EMBO J. 19: 4228-4236 (2000). Role in virus assembly and budding.


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