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Etude des protéines et introduction à la protéomique. Electrophorèse et isoélectrofocalisation


La proéomique (étude du protéome) s'interesse à l'étude des protéines dans des environnements différents.

Elle comporte 4 étapes principales dont l'extraction des protéines, l'analyse par électrophorèse bidimensionnelle (isoélectrofocalisation selon pHi et SDS-PAGE) et l'identifications des protéines.

Liens utiles:

- Cours 'Protéomique et séparation des protéines par électrophorèse et isoélectrofocalisation

- Examen ---- TP-TD

TRAVAUX DIRIGES

L'isolement et les analyses préliminaire d'une enzyme E (faisant partie des protéines) ont révélés sa présence sous deux formes E1 et E2 possédant respectivement les pHi 6,25 et 6,35.

Les deux formes sont constituées chacune de 4 monomères appelés A1, B1, C1 et D1 pour la forme E1 et A2, B2, C2 et D2 pour la forme E2
Les masses moléculaires des monomères de types A, B, C et D sont 60000, 30000, 20000 et 10000, respectivement. Seuls les monomères de types B et C sont reliés par des ponts dissulfures. Les valeurs des pHi de chaque monomère sont données dans le tableau suivant :


Forme E1
Forme E2
Monomère pHi Monomère pHi
A1
B1
C1
D1
6,3
6,3
6,1
6,3
A2
B2
C2
D2
6,5
6,3
6,1
6,3

L'association des deux monomères de types B et C possède un pHi de 6,2
Trois expériences d'électrophorèse bidimensionnelle (E2D) ont été réalisées sur l'enzyme E:

E2D N°1: Première dimension : isoélectrofocalisation non dénaturante
Deuxième dimension : électrophorèse en présence de SDS et de ß-mercaptoéthanol
E2D N°2 : Première dimension : isoélectrofocalisation en présence d'urée 9M
Deuxième dimension : électrophorèse en présence de SDS et de
ß-mercaptoéthanol
E2D N°3 : Première dimension : isoélectrofocalisation en présence d'urée 9M et
de ß-mercaptoéthanol
Deuxième dimension : électrophorèse en présence de SDS et de ß-mercaptoéthanol

Etablir les électrophorégrammes correspondant pour chacune des 3 éléctrophorèses bidimensionnelles. Annoter les polarités et les composants de chaque bande ou tache. Justifier vos réponses

Protéines. électrophorèse et isoélectrofocalisation




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