TAKWEEN. TECHNIQUES-EXERCICES
QUESTIONS
Q1. Parmi les propsitions suivantes, lesquelles sont fausses ? a: le pI est la valeur de pH pour laquelle une protéine n'a pas de charge. b: à une valeur de pH égale à son pI, une protéine ne migre pas dans un champs électrique au cours d'une électrophorèse.c: une protéine acide aura un pI plus grand que 7,0. d: une protéine basique aura un pI plus grand que 7,0.
Q2. Les 5 protéines dont les masses moléculaires et les points isoélectriques sont donnés ci-dessous, snt séparées par électrophorèse sur gel de polyacrylamide en présence de SDS. Donner l'ordre de leur migration du sommet (le point de dépôt des échantillons) à la partie inférieure du gel. a: alpha-Antitrypsine (PM: 45000, pI: 5,4), b: Cytochrom c (PM: 13400, pI: 10,6), c: Myoglobine (PM: 17000, pI: 7,0), d: Albumine sérique (PM: 69000, pI: 4,8), e: Transferrine (PM: 90000, pI: 5,9).
Q3. Si les 5 protéines de Q2 sont séparées par isoélectrofocalisation, quelle pourrait être leur distribution entre les extrémités positives (anode,+) et négatives (cathode, -) du gel ? Donner les valeurs les plus hautes et les plus faibles de pH
Q4. La séparation des peptides P (Lys-Gly-Ala-Gly), Q (Lys-Gly-Ala-Glu) et R (His-Gly-Ala-Glu) a été effectuée par électrophorèse sur papier réalisée à différents pH. Quelle serait la direction de migration (A: vers l'anode, C: vers cahode et O: immobile) pour ces peptides aux valeurs de pH données: a: pH=2,0, b: pH=4,0, c: pH=6,0, d: pH=11,0.
Q5.
Associer les critère de séparation TAILLE (T),
CHARGE (C), LIAISON SPECIFIQUE (L) et SOLUBILITE (S) à une ou plusieurs
méthodes de séparations suivantes: a:
Electrophorèse, b:
Chromatographie d'exclusion (ge-filtration),
c:
Relargage par sels (salting out), d:
Immunoprecipitation,
e:
Isoélectrofocalisation, f:
Chromatographie d'affinité, g:
Chromatographie d'échange d'ions, h:
Ultracentrifugation de zone.
Q6.
Parmi les techniques suivantes préciser celles
qui sont utilisées pour localiser les ponts dissulfure dans une protéine:
a:
Réduction préalable suivie de carboxyméthylation
de la protéine, b:
clivage de la protéine par hydrolyse acide,
c:
Clivage spécifique maintenant les ponts dissulfure
intacts, d:
séparation par électrophorèse sur gel de polyacrylamide-SDS des différents
peptides, e:
Séparation des peptides par électrophorèse bidimensionnelle,
un traitement par acide performique s'intercaant entre la 1ere. et
la 2eme. dimension.
Q7. Un mélange d'acides aminés est séparé par chromatographie de partage à pH 6,0. Les intérprétations suivantes sont-elles vraies ou fausses (V/F) ? 1/ Val migre plus loin que Ser. 2/ Gln migre plus loin que Asn. 3/ Phe migre plus loin que Val. 4/ Lys migre plus loin que Ileu. 5/ Asp migre plus loin que Ala.
REPONSES
Q1. a, c. Quel que soit le pH, une protéine n'est jamais dépourvue de charge électrique; à son pI la somme de toutes les charges est égale à zéro.
Q2. Sommet: e, d, a, c, b partie inférieure.
Q3. pH élevé (-) b, c, e, a, d pH faible (+).
Q4. a: P (C), Q (C), R (C); b: P (C), Q (C), R (C); c: P (C), Q (O), R (A); d: P (A), Q (A), R (A). Par exemple, le peptide Q porte une charge nette de +1,5 à pH 2,0 (chaîne latérale Lys: +1; groupement alpha-aminé: +1, chaîne latérale Glu: 0; et groupement carboxyle terminal: -0,5, puisque le pH coïncide avec sa valeur de pK). A pH 4,0, la charge nette est +0,5; la chaîne latérale de Glu est à demi-ionisée (-0,5), mais le carboxyle terminal est presque complètement ionisé (-1). A pH 6,0, la charge nette est 0 due à une charge +2 apportée par le résidu Lys e une charge -2 apportée par le résidu Glu. A pH 11,0, le groupement alpha-aminé est déprotoné (charge 0) et la chaîne latérale Lys est à demi-protonée (charge +0,5); la charge nette est donc de -1,5.
(COO-)
pH 2,0: +H3N-Lys-Gly-Ala-Glu-COOH +1,5, pH 6,0: +H3N-Lys-Gly-Ala-Glu-COO- 0
NH3+ COOH NH3+ COO-
Q5. a: T, C, b: T, c: S, C d: L, e: C, f: L, g: C, h: T.
Q6. c, e. L'acide performique oxyde les liaisons disulfure en groupement SO(3-) et libère de nouveaux peptides.
Q7. 1/ (Vrai) La Val possède une chaîne carbonnée non polaire. La Ser est un acide aminé polaire (hydroxyle sur C bete). 2/ (Vrai) Gln et Asn ne sont pas chargés à pH 6,0. Ce sont des acides aminés polaires. Néanmoins, la Gln possède un squelette carbonné plus long que celui de Asn et sera entraîné un peu plus loins. 3/ (Vrai) Phe est un acide aminé aromatique à caractère hydrophobe marqué. Val est un acide aminé non polaire mais moins hydrophobe que Phe. 4/ (Faux) Lys sera chargée positivement à pH 6,0. Elle sera retenue par la phase stationnaire. Quant à Ileu (acide aminé non polaire), elle sera entraîné par la phase mobile. 5/ (Faux) Asp est un acide aminé chargé négativement à pH 6,0. Ala est un acide aminé non polaire. Glu sera retenu par la phase stationnaire (polaire) alors que Ala sera ezntraîné par la phase organique
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